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一、股权转让税额计算
股权转让的应纳税所得额，以股权转让价减除股权计税成本和转让过程中的相关税费后的余额为应纳税所得额。股权计税成本是指自然人股东投资入股时向企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。自然人股权转让应纳的个人所得税按照“财产转让所得”项目缴税，适用20%的比例税率。
股权转让应纳税所得额=股权转让价-股权计税成本-与股权转让相关的印花税等税费。
股权转让所得应纳个人所得税额=股权转让应纳税所得额乘20%。
自然人股东部分转让所持有股权的，转让股权的计税成本按转让比例确定。
转让股权的计税成本=全部股权的计税成本乘转让比例。
二、应纳税所得额的核定
自然人股东申报的股权转让价格有下列情形之一，属明显偏低又无正当理由的，主管地方税务机关应当依法按照总局文件有关规定，核定其应纳税所得额：
(一)股权转让价低于初始投资成本或取得该股权所支付的价款的;
(二)股权转让价低于同一投资企业其他股东同时或大约同时相同或类似条件下股权转让价的;
(三)股权转让收益率低于同期银行存款利率的;
(四)股权转让所得低于最近一期股利分配所得的;
(五)股权转让时投资企业留存收益为正数，股权转让价中没有包含该自然人股东所应享有的份额的，或转让价低于自然人股东应享有的所投资企业所有者权益份额的;
(六)主管地方税务机关依法认定的其他情形。
三、纳税调整
主管地方税务机关对应核定应纳税所得额的情况，要全面正确计算股权转让价格和股权计税成本，应考虑以下因素：一是“资本公积”、“未分配利润”、“盈余公积”累计结余情况，对于应分配未分配的所有者权益应考虑其对价格的影响;二是债权债务清偿情况，如：应收账款、应付账款、长期借款和长期投资等;三是资产、存货的增值和减值等情况;四是股权计税成本的真实性。按照税收政策，根据企业财务状况对其股权转让价格进行纳税调整，该调增的调增，该调减的调减，填制股权转让纳税调整表，经主管领导审批后，调整纳税行为。股权转让纳税调整表由各市局自定。
四、对无偿转让股权行为的管理
一是对于继承、遗产处分、直系亲属之间无偿赠予股权的情况，对当事双方不征收个人所得税。纳税人需要提供公证机构出具的赠与人和受赠人亲属关系的公证书、抚养关系或赡养关系公证书(或乡镇政府或街道办事处出具的抚养关系或赡养关系证明)、《继承公证书》等相关证明，并填写提交《个人股东变动情况报告表》，税务部门应认真审核并留存复印件。
二是主管地方税务机关应深入调查无偿转让股权的真实性，做好后续管理工作，发现有问题的，应核定其转让价格，依法补征个人所得税，并依法进行处罚。
三是对于无偿赠与再转让的股权，以股权转让收入减除受赠、转让股权过程中缴纳的税金及有关合理费用后的余额为应纳税所得额，按20%的适用税率计算缴纳个人所得税。
直系亲属主要是指配偶、父母、子女、养父母、养子女、继父母、继子女、兄弟姐妹、岳父母、祖父母、外祖父母及其他近亲属。遗产处分是指股权所有人死亡，依法取得股权的法定继承人、遗嘱继承人或者受遗赠人。
对于其他情形的自然人股东将股权无偿赠与他人的，受赠人因无偿受赠股权取得的受赠所得，按照“财产转让所得”项目缴纳个人所得税，税率为20%。
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